Plateforme métabolomique
La plateforme métabolomique procède à des analyses de métabolomique et de lipidomique, en ciblé et non ciblé, en spectrométrie de masse couplée à la chromatographie gazeuse ou liquide (GC-MS, LC-MS/MS).
À propos
Nous offrons nos services tant à la communauté universitaire qu’à l’industrie. Nous pouvons vous accompagner dans vos projets de recherche dès leur mise en œuvre incluant le devis expérimental, la préparation des échantillons, l’analyse et l’interprétation des résultats afin d’assurer le succès de votre étude et de soutirer le maximum de nouvelles informations biologiques. Différentes classes de métabolites peuvent être investiguées de manière quantitative, semi-quantitative ou relative selon le type d’analyse. Dans le cas de la lipidomique, l’annotation des lipides d’intérêt avec leurs chaînes acyles et leur position (sn) peut être effectuée par MS/MS.
Les matrices validées et analysées jusqu’à présent incluent chez l’humain et/ou la souris : plasma, sérum, globules rouges, mitochondries, cellules, lipoprotéines isolées, gouttelettes lipidiques, perfusat, lait maternel, tissus (cœur, foie, muscle, cerveau, placenta, rein, tissus adipeux, îlots pancréatiques, moelle épinière). Nous pouvons aussi faire d’autres espèces comme par exemple : C. elegans ou bactéries. Pour toute nouvelle matrice, nous pouvons appliquer toutes nos méthodes d’analyse après avoir procédé à des tests de faisabilité.
Nous sommes également familiers avec d’autres types d’analyses incluant 1) le phénotypage métabolique et fonctionnel du cœur de souris (et de rat) par le biais de sa perfusion ex vivo en mode travaillant en présence de substrats marqués au carbone 13 ainsi que 2) l’analyse de flux métaboliques basée sur l’utilisation des substrats avec des isotopes stables.
Responsables de la plateforme
- Christine Des Rosiers, directrice de la plateforme
- Matthieu Ruiz, co-directeur de la plateforme
Méthodes d'analyse
Lipidomique
- Analyse de données non-ciblée ( >1500 entités reproductibles couvrant les classes listées ci-dessous; >500 lipides uniques) ou
- Analyse de données sur classe(s) choisie(s). Exemple : Lipidomics unveils lipid dyshomeostasis and low circulating plasmalogens as biomarkers in a monogenic mitochondrial disorder – PubMed (nih.gov)
Classes investiguées jusqu’à présent
- Acide gras (acides gras libres ou liés aux glycérophospholipides et glycérolipides, acylcarnitines, acides dicarboxyliques à très longues chaînes)
- Glycérophospholipides (lysophosphatidylcholine, phosphatidylcholine, glycérophosphocholines oxydés, lysophosphatidyléthanolamines, phosphatidyléthanolamines, lysophosphatidylinositol, phosphatidylinositol, lysophosphatidylsérine, phosphatidylsérine, lysophosphatidylglycérol, phosphatidylglycérol, lipides éthers dont les plasmalogènes)
- Sphingolipides (sphingomyélines, hydroxysphingomyélines, céramides, hexoses céramides, désoxy-céramides)
- Glycérolipides (diglycérides, triglycérides, époxytriacylglycérols, glycosyldiacylglycérols)
- Stérols (cholestérol, esters et conjugués de stérols)
- Cardiolipines
- Prénols (ubiquinones)
- Carnitine libre et acylcarnitines (C2 à C26; >50 isoformes analysables)
Exemple : Lipidomics unveils lipid dyshomeostasis and low circulating plasmalogens as biomarkers in a monogenic mitochondrial disorder – PubMed (nih.gov) - Dérivés de la glycolyse, de la voie des hexosamines et des pentoses phosphates
Exemple : First characterization of glucose flux through the hexosamine biosynthesis pathway (HBP) in ex vivo mouse heart – PubMed (nih.gov) - Acides aminés (21 AA) (quantification et enrichissement isotopique)
Exemple : Branched chain amino acids selectively promote cardiac growth at the end of the awake period – PubMed (nih.gov) - Acides organiques (12 AO) (quantification et enrichissement isotopique)
(L’analyse des AA et AO peut être combinée)
Exemple : Mitochondrial pyruvate carriers are required for myocardial stress adaptation – PubMed (nih.gov) - Acides gras (C14 à C26, dont n-3 et n-6, 29 total)
Exemple : Modulation of de Novo Lipogenesis Improves Response to Enzalutamide Treatment in Prostate Cancer – PubMed (nih.gov) - Oxyde de triméthylamine (TMAO) et métabolites associés
- Flux métaboliques (13C et 2H)
- 2 LC-QTOF
- 1 LC-QQQ
- 2 GC-MS
Pour nous joindre
Téléphone: 514 376-3330, poste 2133
Courriel: metabolomique.icm@mhi-rc.org et isabelle.robillard@mhi-rc.org