Laboratoire et analyses

Toutes les activités du laboratoire de diagnostic moléculaire de l’ICM sont effectuées au Québec à partir d’installations permanentes situées au premier étage du bloc centre de l’Institut de cardiologie de Montréal.
Afin de répondre en tous points à sa mission, le laboratoire a intégré un système de management de la qualité permettant de satisfaire les besoins et les attentes de sa clientèle. Le laboratoire de diagnostic moléculaire est un laboratoire médical accrédité par le Conseil canadien des normes (CCN) et est conforme aux exigences de la norme internationale ISO 15189 : 2022 et aux conditions d’accréditation établies par le CCN.

Le laboratoire de diagnostic moléculaire participe à différents programmes de comparaisons interlaboratoires du College of American Pathologists (CAP) et de l’European Molecular Genetics Quality Network (EMQN) et procède à l’évaluation des programmes de formation et de perfectionnement, de la formation continue et des compétences de son personnel.

Le laboratoire est dirigé par une biochimiste clinique certifiée possédant un certificat de spécialiste de la province de Québec (CSPQ), fellow de l’Académie canadienne de biochimie clinique et membre de l’Ordre des chimistes du Québec (OCQ). Les membres de l’équipe incluent un second biochimiste clinique également certifié CSPQ et membre de l’OCQ, quatre biochimistes (M.Sc. biochimie) membres de l’OCQ, deux bio-informaticiennes (M.Sc. bio-informatique), une spécialiste en assurance qualité (M.Sc. Sciences biologiques), une technicienne en administration ainsi que cinq technologistes médicales membres de l’Ordre des technologistes médicaux du Québec (OPTMQ).

La documentation et les instructions nécessaires sont disponibles ci-bas ou dans le répertoire des analyses (inscrire code XCARG) à l’adresse suivante : https://est.omni-assistant.net/icm-ldm/AutoLogin.aspx?User=LDM_ICM_Web

Les recommandations du RQDM stipulent que toute requête d’analyse moléculaire doit être encadrée par un(e) professionnel(le) de la santé spécialiste en génétique cardiovasculaire et/ou en génétique médicale, à l’exeption du profil amyloïdose TTR. SVP référer le patient à la Clinique de génétique cardiovasculaire de l’Institut de Cardiologie de Montréal ou à une clinique de génétique familiale afin de bénéficier d’une évaluation génétique complète.

Requêtes d’analyse :

• Cardiogénétique – NGS/SNG (panel de gènes), délétion/duplication, recherche de variant nucléotidique familial :
  Requête Cardiogénétique
• Dyslipidémies familiales (NGS/SNG (panel de gènes), délétion/duplication, recherche de variant nucléotidique familial :
  Requête Dyslipidémies familiales

Formulaire de consentement : 

Un formulaire de consentement est requis pour toute demande d’analyse génétique et doit accompagner la requête.

Prendre note que le formulaire de consentement de l’ICM ou tout autre formulaire en vigueur dans la province sont acceptés.

Formulaire de consentement

En collaboration étroite avec la clinique de génétique, le laboratoire de diagnostic moléculaire offre ainsi l’analyse génétique des pathologies cardiovasculaires héréditaires afin de répondre aux objectifs cliniques suivants:

Offrir une analyse génétique moléculaire cardiovasculaire dans le but de :

• Confirmer le diagnostic, évaluer le pronostic et guider le traitement des cas-index;
• Identifier les membres de famille à risque de développer une condition cardiovasculaire héréditaire;
• Identifier les causes d’arrêt cardiaque et/ou de décès inexpliqués.

Offrir un service complet d’analyse de génétique moléculaire cardiovasculaire incluant la prise en charge totale du spécimen par du personnel technique, scientifique et professionnel hautement qualifié:

• Prélèvement, extraction de l’ADN, analyse par séquençage (cas-index et membre de famille) et classification personnalisée de chaque variant identifié;
• Protocoles et des appareils à la fine pointe de la technologie tout en maintenant de hauts standards de qualité;
• Révision de la classification des variants;
• Traitement accéléré des échantillons prioritaires;
• Autopsie moléculaire pour les cas de mort subite cardiaque inexpliquée.

Temps réponse des analyses:
Cas-index (profil de gènes par SPHD/NGS): < 90 jours calendrier
Cas-index prioritaire (profil de gènes par SPHD/NGS): < 28 jours calendrier
Membre de famille (recherche de variant spécifique): < 28 jours calendrier

Actuellement, le laboratoire de diagnostic moléculaire offre des profils de tests moléculaires pour les maladies cardiovasculaires génétiques suivantes :

Cardiomyopathies (CMP) :

• CMP hypertrophique;
• CMP dilatée ou arythmogène du ventriculaire gauche;
• CMP arythmogène du ventricule droit;
• Amyloïdose TTR.

Arythmies :

• Syndrome Andersen-Tawil;
• Syndrome de Brugada;
• Syndrome du QT long;
• Syndrome du QT court;
• Tachycardie ventriculaire polymorphe catécholaminergique;
• Trouble de conduction;
• Arrêt cardiaque inexpliqué.

Aortopathies :

• Anévrisme de l’aorte familial non-syndromique;
• Anévrisme de l’aorte syndromique;
• Syndrome d’Ehlers-Danlos classique;
• Syndrome d’Ehlers-Danlos vasculaire;
• Syndrome Loeys-Dietz;
• Syndrome de Marfan.

Dyslipidémies familiales:

• Hypercholestérolémie familiale;
• Hyperalphalipoprotéinémie familiale;
• Hypertriglycéridémie/ hyperchylomicronémie familiale;
• Sitostérolémie.

Au sein des gènes énumérés sur les requêtes d’analyse pour ces pathologies héréditaires, les variations génétiques d’un seul nucléotide (SNV), les petites variations génétiques (InDel), les variations du nombre de copies (CNV) et les variants introniques d’intérêt clinique suivants sont recherchés par l’offre de service:

Le laboratoire de diagnostic moléculaire de l’Institut de cardiologie de Montréal prône la qualité. Les analyses de séquences sont réalisées sur place dans des laboratoires nouvellement aménagés à l’aide d’équipements à la fine pointe de la technologie et un personnel hautement qualifié.

Les analyses du Laboratoire de diagnostic moléculaire de l’Institut de cardiologie de Montréal sont effectuées par une méthode de séquençage parallèle de haut débit (SPHD/NGS). La préparation des librairies se fait par capture avec des sondes personnalisées (Twist Bioscience) selon le protocole commercial Illumina DNA Prep with Enrichment de la compagnie Illumina (Analyse validée mais non-homologuée) et permet de cibler minimalement des gènes impliqués dans les cardiomyopathies, arythmies et aortopathies, ainsi que dyslipidémies familiales. Les exons codants ainsi que les frontières intron-exon (-10pb de chaque côté de l’exon) de ces gènes, en plus de certains variants introniques spécifiques (indiqués dans la liste de gènes analysés, par gène), sont par la suite séquencés avec un séquenceur NextSeq2000 et analysés par le serveur d’analyse Dragen Bio-IT de la compagnie Illumina. Une analyse tertiaire annote les variants restreints aux gènes du profil demandé. Les variations génétiques d’un seul nucléotide (SNV) ou les petites variations génétiques (InDel) sont détectées par cette méthode avec une sensibilité analytique de 99,98% et une spécificité analytique supérieure à 99,99%. Les variations du nombre de copies (CNV) sont détectées avec une sensibilité analytique minimale de 87% et une spécificité analytique de 99,96%. Le séquençage direct Sanger peut être employé pour confirmer des SNV/InDel et couvrir les régions de faible couverture au besoin. Tous les CNV rapportables sont confirmés par une méthode décrite dans la section interprétation lorsqu’applicable.
Les informations de ce rapport concernant le positionnement et les isoformes sont assemblés sur le génome de référence GRCh38/hg38 v0.

Certaines régions chromosomiques sont dupliquées sur le génome avec une homologie d’au moins 90% sur plus de 1000pb. Ces duplications segmentales affectent la qualité de l’alignement et par conséquent la sensibilité et la spécificité analytique de détection de variants lors de l’analyse bioinformatique. Ces régions représentent moins de 0,36% de l’ensemble des régions codantes de nos profils.

Le tableau suivant résume les régions correspondantes à des duplications segmentales parmi nos profils :

De plus, certaines régions chromosomiques complexes peuvent être sous la profondeur de couverture minimale visée en SPHD (< 20X) sans être complémentées en séquençage Sanger :

Tous les variants observés sont recherchés dans la littérature et sont annotés avec une série de bases de données reconnues tels ClinVar, gnomAD (genome Aggregation Database), dbSNP) ou toutes autres sources pertinentes d’information. Également, une évaluation de l’effet in silico du variant sur la protéine est effectuée. La classification des variants est faite selon les recommandations de l’American College of Medical Genetics and Genomics et de l’Association for Molecular Pathology (ACMG et AMP) (PMID:25741868, 2015), ainsi que selon les recommandations revues et adaptées par les groupes d’experts ClinGen lorsque disponibles. Le tout a été adapté et personnalisé par notre laboratoire. Fort de ses 20 années d’expérience en génétique cardiovasculaire, la classification des variants est adaptée et personnalisée par notre laboratoire.

Les rapports d’analyse ne font pas mention des variants génétiques normalement présents dans la population (polymorphismes) ou non liés à la maladie. Cependant, dans l’éventualité où des recherches futures démontreraient un effet délétère de ces variants, ils pourraient être rapportés ultérieurement. Toutes les données sont conservées de façon sécuritaire et accessible pour cette éventualité.

Depuis la création du laboratoire en 2006, la revue de littérature et les interprétations sont réalisées par une équipe qualifiée, qui a une expertise développée sur place qu’on ne trouve nulle part ailleurs. L’équipe participe activement à un programme de formation continue et assure une veille technologique soutenue. Tous les résultats sont validés professionnellement par deux biochimistes cliniques certifiés.

N’hésitez pas à contacter notre équipe du lundi au vendredi, de 8 h à 17 h :

Laboratoire de diagnostic moléculaire
Local C-1760
Institut de cardiologie de Montréal
5000, rue Bélanger Est
Montréal (Québec) H1T 1C8
514 376-3330 poste 3712
ldm@icm-mhi.org

Prendre note que le personnel administratif est joignable au 514 376-3330 poste 3066.

Processus de réclamation

Vous êtes invités à nous exprimer toute réclamation (insatisfaction), rétroaction, remerciement et/ou suggestion à l’adresse courriel ldm@icm-mhi.org. Chaque réponse sera évaluée et traitée avec diligence par notre équipe et une réponse sera transmise au réclamant.

Pour formuler une plainte officielle, veuillez vous adresser au Bureau de la commissaire aux plaintes et à la qualité des services de l’ICM.

Amélioration continue de la qualité

Dans un souci d’amélioration continue de la qualité, le Laboratoire de diagnostic moléculaire de l’ICM consulte ses utilisateurs afin de s’assurer que la prestation des services répond à leurs besoins et exigences. Nous vous invitons à remplir ce court sondage pour nous partager votre niveau de satisfaction envers notre offre de service.

https://forms.office.com/r/wnwtpzE2DR