Services et cliniques

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Centre de génétique cardiovasculaire

Le Centre de génétique cardiovasculaire (CGC) de l’Institut de cardiologie de Montréal (ICM) est présentement le seul centre au Québec qui possède une expertise unique et complète dans le suivi des individus, en combinant l’expertise clinique et l’analyse moléculaire pour les maladies cardiovasculaires génétiques. Le CGC comporte deux volets : la clinique de génétique et le laboratoire de diagnostic moléculaire.

La mission de la clinique génétique est de conjuguer des stratégies novatrices pour le diagnostic et le traitement des maladies cardiovasculaires héréditaires avec l'application des connaissances afin de promouvoir les soins de santé préventifs.

La mission du laboratoire de diagnostic moléculaire est d'offrir un service provincial de diagnostic moléculaire des pathologies cardiovasculaires héréditaires.

Plus spécifiquement, le Centre offre:

  • l'évaluation clinique des individus avec une maladie cardiovasculaire héréditaire (suspectée ou établie)
  • l'évaluation génétique et conseil génétique pour les patients et les membres de leur famille
  • l'analyse génétique moléculaire des patients et les membres de leur famille
  • le traitement compréhensif des patients affectés par une maladie cardiovasculaire héréditaire

Le laboratoire de diagnostic moléculaire de l’ICM est fier de vous annoncer qu’il met en service une analyse bonifiée pour les demandes en génétique cardiovasculaire et dyslipidémies familiales.
Cette nouvelle offre de service est effective depuis le 17 janvier 2022.

En plus de la recherche simultanée de variations génétiques d'un seul nucléotide (SNV), de petites variations génétiques (InDel) et de variations du nombre de copie (CNV), la nouvelle offre de service inclus également la recherche variants introniques d’intérêt clinique associés à ces pathologies héréditaires.

Nouveautés pour la cardiogénétique :
Les gènes ciblés dans les différents profils d’analyses ont été revus et actualisés par un groupe d’experts en cardiogénétique du Réseau Québécois de Diagnostic Moléculaire (RQDM).

Nouveautés pour les dyslipidémies familiales :
Toutes ces informations seront dorénavant colligées dans un seul et même rapport de laboratoire. Les profils d’analyse ainsi que les gènes analysés demeurent les mêmes mais seront révisés dans la prochaine année.

Vous référer à la section demande de test plus bas pour toute la documentation exigée.

PRÉSENTATION GÉNÉRALE DU LABORATOIRE

Toutes les activités du laboratoire de diagnostic moléculaire de l’ICM sont effectuées au Québec à partir d’installations permanentes situées au premier étage du bloc centre de l’Institut de cardiologie de Montréal.
Afin de répondre en tous points à sa mission, le laboratoire a intégré un système de gestion de la qualité permettant de satisfaire les besoins et les attentes de sa clientèle. En outre, le laboratoire de diagnostic moléculaire est un laboratoire médical accrédité par le Conseil canadien des normes (CCN) et est conforme aux exigences de la norme internationale ISO 15189 :2012 et aux conditions d’accréditation établies par le CCN.


Le laboratoire de diagnostic moléculaire participe à différents programmes de comparaisons interlaboratoires du College of American Pathologists (CAP) et l'European Molecular Genetics Quality Network (EMQN) et procède à l’évaluation des programmes de formation et de perfectionnement, de la formation continue et des compétences.
Le laboratoire est dirigé par une biochimiste clinique certifiée par l’Ordre des chimistes du Québec et par l’Académie canadienne de biochimie clinique. Les membres de l’équipe incluent entres autres un second biochimiste clinique également certifié par l’Ordre des chimistes du Québec, trois biochimistes (M.Sc. biochimie) membres de l’Ordre des chimistes du Québec, une spécialiste en sciences biologique et physiques sanitaires (M.Sc.), deux bio-informaticiennes (M.Sc. bio-informatique), une technicienne en assurance qualité, une spécialiste en assurance qualité (M.Sc. Science biologique), une adjointe administrative ainsi que trois technologistes médicaux membres de l’Ordre des technologistes médicaux du Québec.

DEMANDE DE TEST

Tous les documents sont disponibles dans le répertoire des analyses (inscrire code GENA) aux adresses suivantes :

Utilisateur interne (intranet ICM) : https://chum.omni-assistant.net/labo/AutoLogin.aspx?User=38GuidePrelevementICM

Utilisateur externe : https://chum.omni-assistant.net/labo/AutoLogin.aspx?User=38Site_web

Instructions pour la Cardiogénétique :
Pour compléter une demande, le formulaire de consentement (inchangé) ainsi que le formulaire d’indications cliniques* (nouveau) doivent obligatoirement accompagner la requête mise à jour.

Instructions pour les dyslipidémies familiales :
Pour compléter une demande, le formulaire de consentement (inchangé) doit obligatoirement accompagner la requête mise à jour.

Instructions pour les autopsies moléculaires :
Pour compléter une demande, le formulaire d’indications cliniques* (nouveau) doit obligatoirement accompagner la requête mise à jour. Comme par le passé, le rapport de toxicologie et les rapports d’autopsie doivent également être acheminés.

Les politiques internes de notre établissement stipulent que toute requête d’analyse moléculaire doit être encadrée par un(e) professionnel(le) de la santé spécialiste en génétique cardiovasculaire et/ou en génétique médicale. SVP référer le patient à la Clinique de génétique cardiovasculaire de l’Institut de Cardiologie de Montréal ou à une clinique de génétique familiale afin de bénéficier d’une évaluation génétique complète.

*ou tout autre équivalent en vigueur dans le réseau

NOS SERVICES

L’un des plus importants laboratoires du genre au Canada, le laboratoire de diagnostic moléculaire est en service depuis 2006 et émet plus de 1000 rapports personnalisés par année. Le Ministère de la santé et des services sociaux du Québec lui a accordé la désignation suprarégionale pour les analyses de génétique cardiovasculaire. En collaboration étroite avec la clinique de génétique, le laboratoire de diagnostic moléculaire offre ainsi l’analyse génétique des pathologies cardiovasculaires héréditaires afin de répondre aux objectifs cliniques suivants:
Offrir une analyse génétique moléculaire cardiovasculaire dans le but de :

• Confirmer le diagnostic, évaluer le pronostic et guider le traitement des cas-index;
• Identifier les membres de famille à risque de développer une condition cardiovasculaire héréditaire;
• Identifier les causes de mort soudaine inexpliquée.

Offrir un service complet d’analyse de génétique moléculaire cardiovasculaire incluant la prise en charge totale du spécimen par du personnel technique et professionnel hautement qualifié:

• Prélèvement, extraction de l’ADN, analyse par séquençage (cas-index et membre de famille) et classification personnalisée de chaque variant identifié;
• Protocoles et des appareils à la fine pointe de la technologie tout en maintenant de hauts standards de qualité;
• Révision de la classification des variants;

Temps réponse des analyses:
Cas-index (profil de gènes par SPHD/NGS): < 90 jours calendrier
Membre de famille (recherche de variant spécifique): < 28 jours calendrier

Actuellement, le laboratoire de diagnostic moléculaire offre des profils de tests moléculaires pour les maladies cardiovasculaires génétiques suivantes :

Cardiomyopathies :
• CMP hypertrophique
• CMP dilatée ou arythmogène du ventriculaire gauche
• CMP arythmogène du ventricule droit
• Amyloïdose TTR

Arythmies :
• Syndrome Andersen-Tawil
• Syndrome de Brugada
• Syndrome du QT long
• Syndrome du QT court
• Tachycardie ventriculaire polymorphe catécholaminergique
• Trouble de conduction
• Arrêt cardiaque inexpliqué

Aortopathies :
• Anévrisme de l’aorte familial non-syndromique
• Anévrisme de l’aorte syndromique
• Syndrome d’Ehlers-Danlos classique
• Syndrome d’Ehlers-Danlos vasculaire
• Syndrome Loeys-Dietz
• Syndrome de Marfan

Dyslipidémies familiales:
• Hypercholestérolémie familiale
• Hyperalphalipoprotéinémie familiale
• Hyperchylomicronémie familiale
• Sitostérolémie

En plus des gènes listés au sein des requêtes mise à jour, le laboratoire offre depuis le 17 janvier 2022 l’analyse de ces variants introniques cliniquement pertinents :

MÉTHODES

Le laboratoire de diagnostic moléculaire de l'Institut de cardiologie de Montréal prône la qualité. Les analyses de séquences sont réalisées sur place dans des laboratoires nouvellement aménagés à l’aide d’équipements à la fine pointe de la technologie et un personnel hautement qualifié.

Les analyses du Laboratoire de diagnostic moléculaire de l'Institut de cardiologie de Montréal sont effectuées par une méthode de séquençage parallèle de haut débit (SPHD/NGS). La préparation des librairies se fait par capture avec des sondes personnalisées (Twist Bioscience) selon le protocole commercial Illumina DNA Prep with Enrichment de la compagnie Illumina (Analyse validée mais non-homologuée) et permet de cibler minimalement des gènes impliqués dans les cardiomyopathies, arythmies et aortopathies établis par le groupe de travail sur la cardiogénétique du RQDM, ainsi que dyslipidémies familiales. Les exons codants ainsi que les frontières intron-exon (-10pb de chaque côté de l'exon) de ces gènes, en plus de certains variants introniques spécifiques (indiqués dans la liste de gènes analysés, par gène), sont par la suite séquencés avec un séquenceur NextSeq2000 et analysés par le serveur d’analyse Dragen Bio-IT de la compagnie Illumina. Une analyse tertiaire annote les variants restreints aux gènes du profil demandé. Les variations génétiques d'un seul nucléotide (SNV) ou les petites variations génétiques (InDel) sont détectées par cette méthode avec une sensibilité analytique de 99,98% et une spécificité analytique supérieure à 99,99%. Les variations du nombre de copies (CNV) sont détectées avec une sensibilité analytique minimale de 87% et une spécificité analytique de 99,96%. Le séquençage direct Sanger peut être employé pour confirmer des SNV/InDel et couvrir les régions de faible couverture au besoin. Tous les CNV rapportables sont confirmés par une méthode décrite dans la section interprétation lorsqu’applicable.
Les informations de ce rapport concernant le positionnement et les isoformes sont assemblés sur le génome de référence GRCh38/hg38 v0.
Certaines régions chromosomiques sont dupliquées sur le génome avec une homologie d'au moins 90% sur plus de 1000pb. Ces duplications segmentales affectent la qualité de l'alignement et par conséquent la sensibilité et la spécificité analytique de détection de variants lors de l'analyse bioinformatique. Ces régions représentent moins de 0,36% de l'ensemble des régions codantes de nos profils.

Le tableau suivant résume les régions correspondantes à des duplications segmentales parmi nos profils :

INTERPRÉTATION DES RÉSULTATS

Tous les variants observés sont recherchés dans la littérature et sont annotés avec une série de bases de données reconnues tels ClinVar, gnomAD (genome Aggregation Database), dbSNP) ou toutes autres sources pertinentes d’information. Également, une évaluation de l’effet in silico du variant sur la protéine est effectuée. La classification finale des variants est effectuée selon les critères de l'American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) (PMID: 25741868, 2015).
Les rapports d'analyse ne font pas mention des variants génétiques normalement présents dans la population (polymorphismes) ou non liés à la maladie. Cependant, dans l'éventualité où des recherches futures démontreraient un effet délétère de ces variants, ils pourraient être rapportés ultérieurement. Toutes les données sont conservées de façon sécuritaire et accessible pour cette éventualité.
Depuis la création du laboratoire en 2006, la revue de littérature et les interprétations sont réalisées par une équipe qualifiée, qui a une expertise développée sur place qu’on ne trouve nulle part ailleurs. L'équipe participe activement à un programme de formation continue et assure une veille technologique soutenue. Tous les résultats sont validés professionnellement par deux biochimistes cliniques certifiés.

L'ÉQUIPE DU LABORATOIRE CLINIQUE

Dre Julie Amyot, biochimiste clinique, Ph.D., C.S.P.Q., F.C.A.C.B., Directrice du laboratoire de diagnostic moléculaire
Dr Benjamin Neveu, biochimiste clinique, Ph.D., C.S.P.Q.
Catherine Barahona-Dussault, M.Sc. Biochimiste
Guillaume Sylvain-Drolet, M.Sc. Biochimiste
Valérie-Anne Codina-Fauteux, M.Sc. Biochimiste
Diana Margarita Victoria Morón, M.Sc. Spécialiste en sciences biologiques et physiques sanitaires
Sandra Therrien-Laperrière, M.Sc. Bio-informaticienne
Valérie Hay, M.Sc. Bio-informaticienne
Nathalie Lefebvre, Technologiste médicale
Marie-Claude Tessier, Technologiste médicale
Sadia Ouarezki, Technologiste médicale
Fariza Djerroud, Agente administrative
Yllmira Darova, Technicienne en assurance qualité
Valérie Normand, M.Sc. Spécialiste en assurance qualité

Pour plus d'informations

N'hésitez pas à contacter notre équipe

Laboratoire de diagnostic moléculaire
Local C-1760
Institut de Cardiologie de Montréal
5000, rue Bélanger Est
Montréal (Québec) H1T 1C8
514-376-3330 poste 3712
ldm@icm-mhi.org

La Clinique de génétique

Nous offrons des services diagnostics et thérapeutics pour les conditions suivantes :
 

Équipe médicale génétique : 

  • Laura Robb, conseillère en génétique 
  • Johannie Gagnon, conseillère en génétique   
  • Evelyne Naas, infirmière clinicienne 
  • Karine St-Arnaud, infirmière clinicienne 

Pour plus d'informations

Institut de Cardiologie de Montréal
5000, rue Bélanger
Montréal (Québec)
H1T 1C8

Téléphone : 514 376-3330 poste 2498

Télécopieur : 514-593-2158