Services et cliniques

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Centre de génétique cardiovasculaire

Le Centre de génétique cardiovasculaire (CGC) de l’Institut de cardiologie de Montréal (ICM) est présentement le seul centre au Québec qui possède une expertise unique et complète dans le suivi des individus, en combinant l’expertise clinique et l’analyse moléculaire pour les maladies cardiovasculaires génétiques. Le CGC comporte deux volets : la clinique de génétique et le laboratoire de diagnostic moléculaire.

La mission de la clinique génétique est de conjuguer des stratégies novatrices pour le diagnostic et le traitement des maladies cardiovasculaires héréditaires avec l'application des connaissances afin de promouvoir les soins de santé préventifs.

La mission du laboratoire de diagnostic moléculaire est d'offrir un service provincial de diagnostic moléculaire des pathologies cardiovasculaires héréditaires.

Plus spécifiquement, le Centre offre:

  • l'évaluation clinique des individus avec une maladie cardiovasculaire héréditaire (suspectée ou établie)
  • l'évaluation génétique et conseil génétique pour les patients et les membres de leur famille
  • l'analyse génétique moléculaire des patients et les membres de leur famille
  • le traitement compréhensif des patients affectés par une maladie cardiovasculaire héréditaire

Laboratoire

Laboratoire de diagnostic moléculaire Post-PCR

Le laboratoire de diagnostic moléculaire de l’ICM est localisé à même les laboratoires cliniques, situés au rez-de-chaussée de l’Institut de cardiologie de Montréal. Tous les laboratoires de l’ICM possèdent une accréditation de l’Agrément Canada avec mention d’excellence. Le laboratoire de diagnostic moléculaire participe au programme d’assurance qualité du College of American Pathologists (CAP).

Le laboratoire est dirigé par deux biochimistes cliniques certifiés par l’Ordre des chimistes du Québec et par l’Académie canadienne de biochimie clinique. Les membres de l’équipe incluent deux biochimistes (M.Sc. biochimie) membres de l’Ordre des chimistes du Québec, une bio-informaticienne (B.Sc. bio-informatique) ainsi que deux technologistes médicales membres de l’Ordre des technologistes médicaux du Québec.

Nos services

Le laboratoire de diagnostic moléculaire est le plus important laboratoire du genre au Canada.  En collaboration étroite avec la clinique de génétique, le laboratoire de diagnostic moléculaire offre l’analyse génétique des pathologies cardiovasculaires héréditaires afin de répondre aux objectifs cliniques suivants:

Offrir une analyse génétique moléculaire cardiovasculaire dans le but de :

  • Confirmer le diagnostic, évaluer le pronostic et guider le traitement des cas-index;
  • Identifier les membres de la famille à risque de complications pouvant s’avérer fatales;
  • dentifier les causes de mort soudaine inexpliquée.

Offrir un service complet d’analyse de génétique moléculaire cardiovasculaire incluant la prise en charge totale du spécimen par du personnel technique et professionnel hautement qualifié:

  • Prélèvement, extraction de l’ADN, analyse par séquençage et classification personnalisée de chaque variant identifié;
  • Employer des protocoles et des appareils à la fine pointe de la technologie tout en maintenant de hauts standards de qualité;
  • Participer à différents programmes de contrôle de la qualité tels que ceux offerts par le College of American Pathologists (CAP).

Maladies et tests associés investigués

Actuellement, le laboratoire de diagnostic moléculaire offre des profils de tests moléculaires pour les maladies cardiovasculaires génétiques suivantes :

Cardiomyopathies :

Arythmies :

Aortopathies :

Une description détaillée des maladies ainsi que les profils des tests moléculaires associés sont décrits en cliquant sur le nom de la maladie concernée.

Méthodes

Le laboratoire de diagnostic moléculaire de l'Institut de cardiologie de Montréal prône la qualité. Les analyses de séquences sont réalisées sur place dans des laboratoires nouvellement aménagés à l’aide d’équipements à la fine pointe de la technologie.

Technologies :

Les analyses du laboratoire de diagnostic moléculaire de l'ICM sont effectuées par une méthode de séquençage en parallèle à haut débit (SPHD), également connue sous l’appellation séquençage de nouvelle génération (Next-generation sequencing ou NGS). Nous offrons le séquençage des gènes par profils ciblés puisqu’ils présentent l’avantage de limiter la révélation des variants de signification inconnue et des découvertes fortuites, par opposition aux méthodes de séquençage du génome entier. La préparation des librairies selon notre protocole personnalisé pour les maladies cardiovasculaires héréditaires permet le séquençage des exons codants ainsi que des frontières intron-exon (±1 ou 2 pb) avec le séquenceur MiSeq (Illumina).

Au niveau du traitement bio-informatique des données brutes générées, les lectures de séquences sont filtrées et puis élaguées aux extrémités pour en assurer la qualité. Un rapport de séquençage est généré pour chaque patient. Les lectures de séquences sont ensuite alignées sur le génome de référence Hg19 (GRCh37.3) à l’aide de l’algorithme CLC Assembly Cell de CLC Bio (Qiagen). Le pipeline bio-informatique, validé à l’aide des résultats du NIST (National Institute of Standards and Technology), du Platinum Genome d’Illumina et des échantillons en provenance du GIAB (Genome in a Bottle) Consortium, a été construit dans ce logiciel, ce qui assure un haut niveau de qualité, de stabilité et une traçabilité complète des échantillons.

Les régions génomiques complexes pour le séquençage sont analysées d’emblée en Sanger pour assurer la qualité des résultats. Ces régions intrinsèques aux génomes sont composées, par exemple, de séquences répétées ou de duplications segmentaires connues dans la littérature ou encore un contenu en GC particulièrement élevé ou bas. En plus, tous les variants cliniquement pertinents identifiés, toutes les régions qui n’atteignent pas le seuil de 30X ainsi que tous les variants à tester chez les membres de famille sont confirmés par la méthode de séquençage directe Sanger, méthode de séquençage reconnue mondialement comme étant l’étalon d’or.

Performance analytique :

Le seuil de profondeur de couverture clinique utilisé est de 30X. La sensibilité et la précision (valeur prédictive positive) sont à 100% à ce seuil.

Interprétation des résultats :

Tous les variants observés sont recherchés dans la littérature et sont annotés contre une série de bases de données reconnues tels ClinVar, ExAC (Exome Aggregation Consortium), dbSNP, 1000 Genomes Project, ESP (Exome Sequencing Project) ou toutes autres sources pertinentes d’information. Également, une évaluation de l’effet in silico du variant sur la protéine est effectuée. La classification finale des variants est effectuée selon les critères de l'ACMG (PubMed: 25741868, 2015).

Les rapports d'analyse ne font pas mention des variants génétiques normalement présents dans la population (polymorphismes) ou non liés à la maladie. Cependant, dans l'éventualité où des recherches futures démontreraient un effet délétère de ces variants, ils pourraient être rapportés ultérieurement. Toutes les données sont conservées de façon sécuritaire et accessible pour cette éventualité.

Depuis la création du laboratoire en 2006, la revue de littérature et les interprétations sont réalisées par des employés qualifiés, qui ont une expertise développée sur place qu’on ne trouve nulle part ailleurs. Tous les résultats sont validés professionnellement par deux biochimistes cliniques certifiés.

Pour une demande de tests :

Formulaires :

Les documents suivants sont nécessaires pour toute demande de tests :

Requête d’analyse de génétique cardiovasculaire
Annexe détaillée des analyse de génétique cardiovasculaire
Formulaires de consentement

Spécimen requis :

Nous acceptons les spécimens de sang total ainsi que les spécimens d’ADN déjà extrait.

Sang total :

  • 1 tube de sang total EDTA (tube lavande) de 4,0 mL

ADN :

  • 5 µg d’ADN purifié dans un volume minimal de 25 µL et dont le ratio D.O. 260/280 se situe entre 1,8 et 2,2.
  • Les tampons suivants sont acceptés : Tampon Tris-EDTA (TE), H20 exempte de nucléases (Nuclease-free water) et tampon d’élution fourni dans une trousse d’extraction d’ADN commerciale.

Autres types de spécimens, incluant les spécimens d’autopsie moléculaire :

Pour de l’information concernant tout autre type de spécimen, veuillez contacter le laboratoire de diagnostic moléculaire.

Envoi des spécimens :

La double identification (deux identifiants uniques) est de mise pour tous les spécimens.

Premier identifiant (obligatoire) : Nom et prénom
Seconds identifiants acceptés : Date de naissance, RAMQ, numéro de dossier ou numéro local de spécimen.

Sang total :

Les envois des tubes de sang total sont effectués à la température pièce, selon les normes de transport des spécimens biomédicaux en vigueur*. Le délai maximal de réception des spécimens après la date de prélèvement est de sept (7) jours.

ADN :

Les échantillons d’ADN peuvent être envoyés à la température pièce, ou dans une glacière si les échantillons ont été préalablement congelés à -20°C.*

Autres types de spécimens, incluant les spécimens d’autopsie moléculaire :

Pour de l’information concernant tout autre type de spécimen, veuillez contacter le laboratoire de diagnostic moléculaire.

*Pour plus d'information, veuillez consulter les Règlements des Matières Dangereuses IATA ou les normes de transport des marchandises dangereuses de Transports Canada

Adresse d’expédition :

Laboratoire de diagnostic moléculaire
Local C-1700
Institut de Cardiologie de Montréal
5000, rue Bélanger Est
Montréal (Québec) H1T 1C8

L'équipe du laboratoire clinique :

  • Julie Amyot Ph.D biochimiste clinique, Chef du laboratoire de diagnostic moléculaire
  • Joël Lavoie Ph.D. biochimiste clinique
  • Catherine Barahona-Dussault M.Sc. biochimiste
  • Guillaume Sylvain-Drolet M. Sc. biochimiste
  • Krystel Duval bio-informaticienne
  • Martine Giguère technologiste médicale
  • Laurie Virique technologiste médicale

Coordonnées du laboratoire de diagnostic moléculaire

Laboratoire de diagnostic moléculaire
Local C-1700
Institut de Cardiologie de Montréal
5000, rue Bélanger Est
Montréal (Québec) H1T 1C8
514-376-3330 poste 3712
ldm@icm-mhi.org

La Clinique de génétique

Nous offrons des services diagnostics et thérapeutics pour les conditions suivantes :
 

Équipe médicale génétique : 

  • Laura Robb, Conseillère en génétique 514 376 3330 poste 3525 
  • Johannie Gagnon, Conseillère en génétique 514 376 3330 poste 4350  
  • Evelyne Naas, Infirmière Clinicienne 514 376 3330 poste 4064

Pour plus d'informations